Phân tích ADN phù hợp với giả thuyết rằng loài hổ Sumatra đã bị phân lập từ các quần thể hổ khác sau khi mực nước biển dâng lên ở biên giới Pleistocen và Holocen khoảng 12.000-6.000 năm trước. Trong thỏa thuận với lịch sử tiến hóa này, loài hổ Sumatra bị cô lập về mặt di truyền từ tất cả các loài hổ sống trên đất liền, tạo thành một nhóm riêng biệt liên quan chặt chẽ với nhau.